Pałac wybudował w 1661 r. poeta Jan Andrzej Morsztyn w miejscu, gdzie przebiegały umocnienia obronne, tzw. Wały Zygmuntowskie. Jan Andrzej Morsztyn uzyskał zgodę od króla Jana Kazimierza na ich zepchnięcie i posadowienie w tym miejscu swojego pałacu.

W czasie II wojny światowej Pałac Saski zajmował Wehrmacht, a od 1940 r. plac, przy którym stał, został czasowo przemianowany na Adolf Hitler Platz. Z Pałacu wysadzonego przez Niemców w grudniu 1944 r. ocalały jedynie fragmenty kolumnady z Grobem Nieznanego Żołnierza.

Stowarzyszenie „Saski 2018” szacuje, że odbudowa pochłonie około 262 mln zł i zajmie około 4 lat. Premier Mateusz Morawiecki zaproponował nazwanie gmachu Pałacem Niepodległości.